Trägern von elektronischen Implantaten wird von der Anwendung der pulsierenden Magnetfeldtherapie abgeraten, da diese Hilfsmittel in ihrer Funktion gestört werden könnten. Eine Implantat-ferne Anwendung ist aber durchaus möglich, z.B. bei einem vorhandenen Herzschrittmacher an den Beinen des Patienten.
Metallische Implantate, die infolge chirurgischer Eingriffe eingebracht wurden, können die Wirkung des pulsierenden Magnetfeldes abschwächen, wenn sie eine bestimmte Größe (Fläche der Platten) überschreiten oder z.B. Schrauben in großer Anzahl eingebracht wurden.
Eine weitere Kontraindikation könnte wegen noch nicht ausreichender
Forschungsergebnisse eine bestehende Schwangerschaft sein.
Durch die zusätzliche Aktivierung der Zellvorgänge und dem damit verbundenen Energiebedarf ist die Anwendung bei hohem Fieber, schweren Herz-Kreislauf-Erkrankungen (z.B. schweren Herzrhythmusstörungen), einem schweren Pilzbefall der inneren Organe (z.B. Kryptokokkose) oder des Blutes kritisch abzuwägen.

Auch im Rahmen von Langzeitstudien sind keine schädlichen Nebenwlrkungen beobachtet worden.